Der udføres de såkaldte genomscan for at identificere kromosomområder – dna-sekvenser, der indeholder gener, der er årsag til fænotypiske forskelle i sygdomsresistens samt i kødkvalitets- og produktionsegenskaber. Disse dna-sekvenser kan bruges til genetisk selektion (GS) i DanAvl. GS forventes at øge avlsfremgangen med 20-30 procent, idet de bedste dyr kan udvælges med større sikkerhed end hidtil. Generelt vil egenskaber, som i dag er svære at avle, få størst gavn af GS. Ifølge eksperterne vil der derfor opleves størst stigning i fremgangen for foderudnyttelse og kuldstørrelse, men de øvrige egenskaber vil også få øget fremgang. Øget avlsfremgang, som følge af genomisk selektion, forventes at give to til tre kroner ekstra pr. slagtesvin pr. år. GS åbner desuden mulighed for at avle efter nye egenskaber som eksempelvis bedre moderegenskaber og bedre soholdbarhed.

Et avlssystem, som anvender GS, er ikke meget forskelligt fra et konventionelt avlssystem. Avlsdyrene skal stadig afprøves, og der skal udregnes et konventionelt avlsindeks. Dette avlsindeks bruges til at udvælge, hvilke dyr som skal dna-testes, da det ikke er økonomisk muligt at dna-teste alle dyr på nuværende tidspunkt. Dna-testen gør det dernæst muligt at beregne et mere sikkert indeks – et genomisk avlsindeks. Det genomiske avlsindeks bruges så til at beslutte, om dyret skal bruges i avlen.

GS forventes at blive en stor gevinst hos Landrace og Yorkshire, fordi det har potentiale til bedre at vælge de rigtige dyr til avl. I dag er Landrace- og Yorkshiredyr svære at rangere. Den svære rangering i hundyrracerne skyldes egenskaber – såsom LG5 og soholdbarhed – der kun måles på søer, og typisk efter ornen er udsat fra KS. GS vil medføre, at disse orner bliver rangeret mere korrekt ved hjælp af en dna-test.

GS blev taget i brug i DanAvl for Duroc-avlsdyrene i oktober 2010. Det blev taget i brug for Landrace og Yorkshire i efteråret 2011. GS kan være med til at sikre, at DanAvl også i fremtiden vil være blandt de førende avlsselskaber.